Παρελθόν από την Ατλετικο Μαδρίτης αποτελεί από σήμερα ο Χουανίτο. Όπως αναφέρει σε ανακοίνωσή της η ισπανική ομάδα, ο πολύπειρος αμυντικός ζήτησε από μόνος του να αποχωρήσει από το σύλλογο. Ο 34χρονος άσος δεν βρισκόταν στα πλάνα του Κίκε Σάντσεθ Φλόρες και αυτός ήταν ο βασικός λόγος που τον ώθησε στη συγκεκριμένη απόφαση.
Ο Χουανίτο αποτέλεσε σημαντικό στέλεχος της Μπέτις, την οποία τη σεζόν 2004-05 βοήθησε να κατακτήσει το κύπελλο Ισπανίας και να πάρει το εισιτήριο για το Τσάμπιονς Λιγκ, ενώ αποχώρησε από την ομάδα της Σεβίλης το 2009 για λογαριασμό της Ατλέτικο, με την οποία κατέκτησε το κύπελλο Ισπανίας.
Εχει φορέσει τη φανέλα της εθνικής ομάδας από το 2002 έως το 2008, σκοράροντας το μοναδικό γκολ του στο παγκόσμιο κύπελλο της Γερμανίας το 2006, στη νίκη 1-0 των «φούριας ρόχας» στον αγώνα με τη Σαουδική Αραβία.